Un logiciel interactif pour le suivi et la modélisation des mouvements d'organes de plantes

Lien vers le code source et les instructions d'installation :

https://forgemia.inra.fr/felix.hartmann/interekt

Interekt (INTERactive Exploration of Kinematics and Tropisms) est un logiciel dédié au phénotypage semi-automatique de la croissance et/ou des mouvements tropiques d'organes de plantes. L'organe doit-être approximativement unidimensionnel, typiquement une tige ou une racine.

Interekt prend en entrée une séquence d'images 2D d'un organe de plante en croissance et/ou en mouvement tropique. Une procédure quasi-automatique permet d'extraire la forme de l'organe sur chaque image. Il est alors possible de calculer et visualiser ses caractéristiques géométriques (longueur, rayon, angles, courbures) ainsi que sa cinématique (vitesse de croissance, variations d'angles, variations de courbures).

Outre la description quantitative du mouvement, Interekt intègre des modèles mathématiques de réponse gravitropique et proprioceptive, Des procédures semi-automatiques permettent d'estimer la valeur de ces paramètres pour chaque séquence d'images, et ainsi réaliser rapidement du phénotypage assisté par modèle.

Vidéo :

 Implémentation

Interekt est écrit en Python 3, avec une interface graphique Tkinter. Il dépend des bibliothèques Numpy, Scipy, Matplotlib, Pandas, Scikit-image et h5py.

Contact : Félix Hartmann (felix.hartmann@inrae.fr)

Référence

Hartmann F.P., Chauvet-Thiry H. et al. (2022) Methods for a Quantitative Comparison of Gravitropism and Posture Control Over a Wide Range of Herbaceous and Woody Species. In Plant Gravitropism, Humana, New York.

https://hal.inrae.fr/hal-03400916