Titulaire d’une thèse en Biologie moléculaire et cellulaire végétale de l’Université Paris XI, j’ai été recrutée par le CIRAD en 1994 pour une première affectation de 4 ans à l’Université Mahidol (Bangkok, Thaïlande), pour travailler sur la physiologie de la production de latex chez l’hévéa. De retour en France (CIRAD Montpellier) en 1998, mon activité s’est orientée vers le développement d’outils pour la transformation génétique de l’hévéa, puis progressivement vers la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans le développement des maladies foliaires de l’hévéa, en particulier celles causées par les champignons du genre Corynespora ou Colletotrichum.

Depuis 2008, je suis accueillie par l’UMR PIAF à l’Université Clermont Auvergne, où je poursuis mes activités de phytopathologiste moléculaire, entre recherche fondamentale et recherche appliquée, au sein de l’équipe MEA (microenvironnement et arbre) mais toujours en lien étroit avec mon unité de rattachement (UMR AGAP, équipe « Génomes et sélection de plantes pérennes »).

Je coordonne actuellement deux projets de recherche :

• Le Projet MaFHé (Maladies Foliaires de l’hévéa 2023-2026) est financé par l’Institut Français du Caoutchouc (IFC). Il a pour objectif le développement de connaissances et d’outils d’aide au diagnostic et à la sélection pour prévenir le développement des maladies. Ils se décline en trois objectifs spécifiques : 1) l’identification des effecteurs des principaux pathotypes de l’agent pathogène et le développement d’un outil de diagnostic typologique (DIATYP) par qPCR ; 2) le phénotypage des clones issus des programmes de sélection par des inoculation contrôlées sur feuilles détachées, ou pas notations in situ, en Côte d’Ivoire ; 3) l’identification des facteurs de sensibilité chez l’hévéa et le développement de marqueurs spécifiques au service de la sélection. Les principaux terrains d’expérimentation pour ce projet sont situés en Côte d’Ivoire. Un doctorant, deux masters et deux étudiants de BTS sont formés au sein de l’UMR PIAF dans le cadre de ce projet. Une technicienne a également été recruté en CDI-Projet (pour 3 ans), à Montpellier.
• Le Projet MIRHECO (MultiOmics Immune Responses of HEvea to COrynespora) est un projet bilatéral Franco-Indien, financé par le CEFIPRA (Centre Franco-Indien pour la Promotion de la Recherche Avancée). Il vise à identifier des gènes marqueurs de la sensibilité des clones d’hévéa à 2 pathotypes distincts de Corynespora identifiés en Inde. Une doctorante et un post-doctorant sont/seront financés dans le cadre de ce projet.

Principales publications depuis 2008

• Niane A. B. et al., in prep
• Ribeiro, S., et al. (2021). "Transcriptome profiling in susceptible and tolerant rubber tree clones in response to cassiicolin Cas1, a necrotrophic effector from Corynespora cassiicola." PLoS ONE 16(7): e0254541, https://hal.inrae.fr/hal-03331666
• Pujade-Renaud, V., et al. (2019). "Endophytes from wild rubber trees as antagonists of the pathogen Corynespora cassiicola." Phytopathology, https://hal.inrae.fr/hal-02619878
• Ribeiro, S., et al. (2019). "Gene deletion of Corynespora cassiicola cassiicolin Cas1 suppresses virulence in the rubber tree." Fungal Genet Biol 129: 101-114, https://hal.inrae.fr/hal-02624301
• Ben Amira, M., et al. (2018). "MIP diversity from Trichoderma: Structural considerations and transcriptional modulation during mycoparasitic association with Fusarium solani olive trees." PLoS ONE 13(3): e0193760., https://hal.science/hal-01779754v1
• Lopez, D., et al. (2018). "Genome-wide analysis of Corynespora cassiicola leaf fall disease putative effectors." Front Microbiol 9: 276, https://hal.science/hal-01753929v1
• Ben Amira, M., et al. (2017). "Beneficial effect of Trichoderma harzianum strain Ths97 in biocontrolling Fusarium solani causal agent of root rot disease in olive trees." Biological Control 110(Complete): 70-78, https://hal.science/hal-01595247v1
• Lopez, D., et al. (2016). "The Hevea brasiliensis XIP aquaporin subfamily: genomic, structural and functional characterizations with relevance to intensive latex harvesting." Plant Mol Biol 91(4-5): 375-396, https://hal.science/hal-01594467v1
• Tran, D. M., et al. (2016). "Genetic Determinism of Sensitivity to Corynespora cassiicola Exudates in Rubber Tree (Hevea brasiliensis)." PLoS ONE 11(10): e0162807, https://hal.science/hal-01417737v1
• Shuib, S. S., et al. (2015). "Cassiicolin genes among Corynespora isolates from rubber plantations in Malaysia." Journal of Rubber Research 18(2): 109-126, https://hal.inrae.fr/hal-02632100v1
• Cubry, P., et al. (2014). "Development and characterization of a new set of 164 polymorphic EST-SSR markers for diversity and breeding studies in rubber tree (Hevea brasiliensis Mull. Arg.)." Plant Breeding 133(3): 419-426. https://hal.science/hal-01190035v1
• Déon, M., et al. (2014). "Diversity of the cassiicolin gene in Corynespora cassiicola and relation with the pathogenicity in Hevea brasiliensis." Fungal Biology 118(1): 32-47, https://hal.science/hal-01054941v1
• Déon, M., et al. (2012a). "Characterization of a cassiicolin-encoding gene from Corynespora cassiicola, pathogen of rubber tree (Hevea brasiliensis)." Plant Science 185-186(0): 227-237, https://hal.science/hal-00964742v1
• Déon, M., et al. (2012b). "First characterization of endophytic Corynespora cassiicola isolates with variant cassiicolin genes recovered from rubber trees in Brazil." Fungal Diversity 54(1): 87-99, https://hal.science/hal-00964682v1
• Garcia, D., et al. (2011). "EST profiling of resistant and susceptible Hevea infected by Microcyclus ulei." PMPP Physiological and Molecular Plant Pathology 76(2): 126-136.
• Dusotoit-Coucaud, A., et al. (2010), "Ethylene stimulation of latex yield depends on the expression of a sucrose transporter (HbSUT1B) in rubber tree (Hevea brasiliensis)." Tree Physiol 30(12): 1586-1598, https://hal.science/hal-01168774v1
• Schoch, C. L., et al. (2009). "A class-wide phylogenetic assessment of Dothideomycetes." Studies in Mycology 64(1): 1-15-S10.

Elumelai S., et al., 2009, https://hal.inrae.fr/hal-02668957v1